El reflujo se convierte en una preocupación cuando, al volver el alimento del estómago al esófago, se vierta en el conducto de aire. Eso puede causar problemas de respiración, asma, neumonía, y en algunos casos, el síndrome de muerte súbita del lactante. 
Los casos más graves son tratados con fármacos que ayudan a neutralizar la acidez del estómago. Los efectos de los medicamentos son tan eficaces que en pocos casos se llega a indicar una cirugía.